Historia człowieka w regionie sięga paleolitu, o czym świadczą naskalne rysunki w baszkirskich jaskiniach, przedstawiające nosorożce włochate, mamuty, konie. Niektórzy badacze uważają nawet, iż udomowienie konia nastąpiło na ziemiach zamieszkanych przez przodków Baszkirów (VII – VI tysiąclecie przed naszą erą). W neolicie istniały tu prężna gospodarka rolna i hodowla bydła.
Arabski podróżnik i geograf Al-Idrisi w XII wieku wymienił w „Księdze Rogera” baszkirskie miasta Nemzhan, Gurkhan, Karakiya, zaś w rosyjskich kronikach pierwsza wzmianka o Baszkirach pochodzi z 1469 roku. Stulecie wcześniej Baszkirowie zasłynęli heroiczną czternastoletnią wojną z Mongołami, zyskując szacunek najeźdźców, odnotowany w mongolskich źródłach historycznych. Efektem tych wydarzeń było wchłonięcie Baszkirii w skład Złotej Ordy, gdzie Baszkirowie otrzymali swą pierwszą autonomię terytorialną i uprzywilejowaną pozycję w hierarchii prawnej imperium mongolskiego. Do Europy Baszkiria dołączyła na początku XVII wieku po podboju Chanatu Syberyjskiego przez Rosję. Od tego momentu kształtował się baszkirsko-rosyjski polityczny modus vivendi. Baszkirowie otrzymali prawo do dysponowania swoim terytorium, do posiadania na nim własnej armii, administracji i religii. Bojarom zakazano przejmowania baszkirskich ziem, zaś Baszkirowie uzyskali przywilej wydobywania soli. Ale relacje z Rosjanami niedotrzymującymi zobowiązań były niełatwe.
