Położone wzdłuż brzegów Zatoki Georgian, jeziora Huron– i otoczone zalesionymi wzgórzami, było to rodowe terytorium narodu Wendatów, odłamu plemienia Haudenosaunee. Wendatowie byli stowarzyszeniem dobrych kupców i zręcznych rolników, którzy nazywali swoje ziemie Wendake.
Najważniejszym konfliktem historycznym były wojny bobrowe (znane również jako wojny plemienia Huron i plemienia Irokezów z połowy XVII wieku.)
Francuscy jezuici przybyli do Wendake w XVII wieku. Jako międzynarodowy zakon, Towarzystwo Jezusowe działało niczym armia poświęcona szerzeniu katolicyzmu na całym świecie. Wierzyli, podobnie jak ich założyciel Ignacy Loyola, iż pierwszym krokiem do zbawienia bliźniego jest jego edukacja. Z wyjątkiem jednego włoskiego księdza, mieszkańcy Sainte-Marie byli Francuzami. Nie towarzyszyły im żadne kobiety. Członkowie narodu Wendatów byli częstymi gośćmi misji.
W latach 30. i 40. XVII wieku Konfederację Huronów (Wendatów) nawiedziła niszczycielska plaga ospy, która zabiła prawie połowę jej populacji. Ta katastrofa biologiczna zbiegła się z wojnami bobrowymi, kiedy to Haudenosaunee (Irokezi) rozpoczęli zaciekłe najazdy, aby przejąć kontrolę nad handlem futrami i uzupełnić straty ludnościowe poprzez branie jeńców, ostatecznie rozpraszając Huronów do 1649 roku.
Kiedy pojawiła się epidemia, zakonnicy zaczęli pomagać plemieniu Huron lecząc i dokonując chrztu. Po pewnym czasie, epidemia wygasła. Indianie zaczęli znowu aktywne życie rolników i myśliwych. Będąc chrześcijanami uczestniczyli w nabożeństwach odprawianych przez zakonników.
W tym samym czasie siły Konfederacji Irokezów (głównie grupy wojenne Mohawków i Seneków) zaatakowały i wysiedliły naród Huronów (Wendatów) podczas gwałtownych konfliktów terytorialnych i o handel futrami. Podczas tych brutalnych najazdów na Huronię (południowy Ontario i północna część stanu Nowy Jork) pojmali i zabili również ośmiu francuskich misjonarzy jezuickich.
Jezuici byli torturowani i zamordowani w połowie XVII wieku podczas wojen hurońsko-irokeskich, w tej chwili często nazywanych kanadyjskimi lub północnoamerykańskimi męczennikami.
Władze Ontario dbają o pamięć kanadyjskich męczenników, sześciu księży jezuitów i dwie osoby świeckie z pobliskiej, historycznej misji Sainte-Marie wśród Huronów. Zostali oni kanonizowani przez Kościół katolicki w 1930 roku. Jest to jedno z zaledwie sześciu sanktuariów narodowych w Kanadzie i jedyne położone poza prowincją Quebec.
Papież Jan Paweł II odbył w tym miejscu ważne spotkanie duszpasterskie we wrześniu 1984 roku.
