Żandarmeria Wojskowa powstała z dniem 30 września 1990 roku, w oparciu o pion prewencji rozwiązanej wtedy Wojskowej Służby Wewnętrznej (WSW). Drugi pion WSW czyli kontrwywiadowczy tego samego dnia został połączony z Zarządem II Wywiadowczym Sztabu Generalnego WP w jeden Zarząd II Wywiadu i Kontrwywiadu Sztabu Generalnego WP (od 1 września 1991 roku Szefostwo Wojskowych Służb Informacyjnych).